魚缸鋪設底砂飼養，不僅可讓魚缸顯得更美觀、提高欣賞價值外，且對水草和魚兒生存具有極重要作用。
對許多魚友來說，不贊同鋪底砂飼養，主要原因在於清洗麻煩、容易卡污垢，但對資深玩家來說，鋪設底砂飼養好處多多，不僅可大幅提高水質，延長換水時間與減少，更可提高魚的穩定性，主要關鍵在於益菌群。
以魚友最為熟悉的硝化菌群為例，為好氧菌群，顧名思義，適存在較高含氧量環境，除過濾器系統中的培菌濾材外，硝化菌群聚集數量最多，就在底砂表面層！鋪設底砂後，底砂顆粒表面可成為硝化菌附著處外，再藉由魚缸中水流的帶動，提供硝化菌群所需的氨氣，同時，滿足硝化菌群對較高氧氣的需求。
在底砂的深層處，隨著底砂層的厚度，愈底層，水流動愈緩和，相對地氧氣量較低，這一區域正是厭氧菌、分解型益菌群所需的環境，當魚隻排泄物、飼料殘餌及有機污垢，隨著時間及水流的擠壓而分解、細化，不斷累積在底砂石縫隙中，這些微小的污垢，會被這群最容易忽略的益菌群給分解掉。
存在水中劇毒的氨氣，只會隨著不斷地餵食後產生的殘餌、魚隻排泄物及有機污垢的增加而增加，當污垢排放的氨及有毒物質大過於硝化菌群分解速度，除加快水質敗壞速度外、更助長壞菌及病菌入侵魚缸水中及魚體的機會，魚隻感染疾病的機會也會大增，當魚隻存活在高氨氣濃度環境下，魚群中毒、染病甚至死亡的機率也就相當高。若在分解型益菌群分解部份微小有機污垢，就可減少、降低氨濃度，對魚的威脅性也會降低。
以魚缸養魚，在封閉性的空間下，飼料殘餌、魚隻排泄物及有機污垢不斷產生，雖然過濾器系統中物理過濾，可阻擋污垢，但對細微的污垢，卻無法發揮完全阻擋功效，只能任由這些肉眼不易看出的微小漂浮物，被水流推動，經由過濾器又回到魚缸中，這也是為何，許多魚友老是感嘆：「為何魚缸的水老是霧霧的？」，其主因就在於水中細微的漂浮物量過多所致！
存在魚缸中的是飼料殘餌、魚隻排泄物及有機污垢，會產生逐漸往下沉的沈澱作用，同時，也被水流的帶動與衝擊，粒子尺寸會愈來愈小，這也是裸缸飼養，可在魚缸底部看到一團污垢聚集。當餵食次數及數量愈多，相對地，產生飼料殘餌、魚隻排泄物及有機污垢也愈多，污垢愈多，釋放的氨濃度也會愈高，若硝化菌系統不完整或不健全、硝化菌群數量不足，水質敗壞速度加快、壞菌及病菌入侵...等也會接踵而來。
