硝化細菌是養魚不可少的益菌，要如何獲得硝化細菌呢？
以飼養方式來看，透過過濾器內的濾材及鋪設底砂，都是培養益菌的好方法，而獲得硝化菌的來源，有幾種方式：
1.自行培養。
2.添加硝化菌粉或液。
3.直接拿他人使用棉培養
4.藉用舊濾材、底砂作為菌種。
5.從自然環境中採取底泥表層活菌。
魚友最常使用方式與管道，就是直接購買硝化菌粉或液，但受到網路快速傳播影響，導致許多新手及經驗不足魚友對硝化細菌產生錯誤的認識與瞭解。
一、硝化細菌粉
優點：使用及保存相當便利，常溫下保存期限，可約2年。
缺點：活化需較長時間，且在低溫乾燥過程中會造成菌種大量死亡。
市售的硝化菌粉，採用低溫乾燥製成休眠菌粉，遇水後要8～數10小時後，菌體才開始活化，產生作用，絕對不是，將菌粉倒入魚缸後，立刻就會產生硝化菌。
測試多種建立硝化菌系統方式中，在相同的容器、水體、時間下，進行培菌功效測試，結果發現，液體效果較粉狀快速且菌量較多。無論是液體或粉狀培菌，都需要時間，真正穩定的硝化菌系統，是看總菌體數量多寡，當你倒入的液或粉，都只是少量的菌體株，要讓魚缸內菌體數量達到飽和狀態，絕對不是幾天內可以作到，這也是為何，許多資深玩家常說的：「建議一套完整硝化菌系統，一般需要1～1.5個月時間才會穩定...」。
二、硝化細菌液
優點：菌種原本即呈現活化狀態，倒入缸中可立即作用。
缺點：活菌保存不易，建議在完成後三個月內使用，否則，菌體會陸續死亡而失效。
硝化菌在那裡？
想要硝化菌定居長存，就必須多瞭解它的生活環境與方式。你花錢添購的硝化菌，它在那呢？有在你的魚缸或過濾器中嗎？
過濾器中，可藉助粗海綿、生化棉、陶瓷環、菜瓜布、絲瓜布、水草...等濾材，這些濾材皆有「表面粗糙微小孔隙」特性，適合硝化菌附著生長的生長環境，但硝化菌易受到水溫、pH值、光、水中鹼性物質及化學物質...等因素影響而流失。想要硝化菌量維持，底砂層，更可讓龐大中多的硝化菌附著，因此，底砂層也不宜太薄，砂石縫隙都是硝化菌喜愛久留的地方。雖然，換水時，會導致部份硝化菌流失，但只要適合「生長條件」下，約1～2天後，流失的硝化菌就會「補足」，因此，不需要刻意補充硝化菌。
